Papa Franja proglasio je Teoriju evolucije i Teoriju Velikog praska skladnim sa crkvenom dogmom, budući da prema njegovim rečima "Bog nije mađioničar i nema čarobni štapić".
Franja se time suprotstavio očiglednoj podršci svog prethodnika, Benedikta XVI, "inteligentnom dizajnu", ali je naglasio njegov "veliki doprinos teologiji". Teorije evolucije i Velikog praska su stvarne i Bog nije "mađioničar sa čarobnim štapićem", objavio je papa Franja.
Govoreći na Akademiji nauka Pontifikata, papa je dao izjavu za koju naučnici smatraju da će stati na put "lažnim teorijama" kreacionizma i inteligentnog dizajna koje je, prema njihovim tvrdnjama podsticao njegov prethodnik, Benedikt XVI.
Franja je objasnio da obe naučne teorije nisu u suprotnosti sa postojanjem Tvorca, već je naprotiv, on "neophodan".
"Kada čitamo Stvaranje sveta u Knjizi Postanja, možemo doći u opasnost da zamislimo Boga kao mađioničara, sa čarobnim štapićem, koji je u stanju da uradi sve. Međutim, to nije tako.", rekao je papa i dodao: "On je stvorio ljudska bića i pustio ih da se razvijaju prema unutrašnjim zakonima koje je usadio u svakog pojedinca, kako bi dostigli svoje potpuno ispunjenje. Veliki prasak, koji se danas smatra početkom sveta, nije u suprotnosti sa intervencijom božanskog tvorca, već baš naprotiv, zahveta njegovo postojanje. Evolucija u prirodi nije u suprotnosti sa idejom postanja, zato što evolucija zahteva postojanje bića koje evoluira."
Rimokatolička crkva je dugo imala reputaciju anti-naučne institucije, najčuvenije po teranju Galileja da se suoči sa inkvizicijom i opovrgne svoju teoriju da se Zemlja okreće oko Sunca kao "jeretsku".
Komentari pape Franje su više u duhu nastavka progresivnog rada pape Pija XII, koji je ostavio prostor za prihvatanje ideja evolucije i Velikog praska. Godine 1996. papa Jovan Pavle II otišao je čak dalje i predložio da je evolucija "više od hipoteze" i "efektivno potvrđena činjenica".
Nešto ranije, Benedikt XVI i njegovi bliski savetnici navodno su podržavali ideju da inteligentni dizajn obara evoluciju - ideja da je prirodna selekcija kao takva nedovoljna da objasni kompleksnost sveta. U 2005. godini, njegov bliski saradnik kardinal Šunborn napisao je članak u kojem kaže: "Evolucija u smislu zajedničkih predaka može biti tačna, ali evolucija u neodarvinističkom smislu - kao nevođen i neplaniran proces - nije."
Đovani Bingami, profesor i predsednik italijanskog Nacionalnog instituta za astrofiziku, rekao je: "Papina izjava je značajna. Mi smo direktni potomci Velikog praska koji je stvorio univerzum. Evolucija dolazi nakon postanja."
Đulijo Đorelo, profesor filozofskih nauka na Milanskom univerzitetu rekao je da veruje da je Franja "pokušao da smiri emocije oko problema ili pretpostavljenog problema" naukom.
Uprkos ogromnoj razlici u teološkom stavu između pape i njegovih prethodnika, Franja je pohvalio Benedikta XVI tokom otkrivanja njegove bronzane statue u Vatikanskom vrtu ispred sedišta akademije.
